在我上一个关于 finding toes within each paw 的问题之后，我开始加载其他测量值，看看它会如何支撑。不幸的是，我在前面的一个步骤中很快遇到了问题:识别爪子。

你看，我的概念证明基本上是随着时间的推移获取每个传感器的最大压力，并开始寻找每一行的总和，直到它找到 != 0.0。然后它对列执行相同的操作，并且一旦找到超过 2 行且该行再次为零。它将最小和最大行和列值存储到某个索引。

如图所示，这在大多数情况下都非常有效。但是，这种方法有很多缺点(除了非常原始):

• 人类可以有“空心脚”，这意味着脚印本身有几行空。因为我担心(大型)狗也会发生这种情况，所以我等了至少 2 到 3 排空行，然后才剪掉了爪子。

  如果另一个联系人在到达几个空行之前在不同的列中进行，则会产生问题，从而扩大区域。我想我可以比较这些列，看看它们是否超过某个值，它们必须是单独的爪子。

• 当狗很小或走得更快时，问题会变得更糟。发生的情况是前爪的脚趾还在接触，而后爪的脚趾刚刚开始在与前爪相同的区域内接触!

  使用我的简单脚本，它无法拆分这两个，因为它必须确定该区域的哪些帧属于哪个爪子，而目前我只需要查看所有帧的最大值.

开始出错的示例:

所以现在我正在寻找一种更好的方法来识别和分离爪子(之后我将解决决定它是哪只爪子的问题!)。

更新:

我一直在努力实现乔的(真棒!)答案，但我在从我的文件中提取实际爪子数据时遇到了困难。

coded_pa​​ws 显示所有不同的爪子，当应用于最大压力图像时(见上文)。但是，该解决方案会遍历每一帧(以分离重叠的爪子)并设置四个 Rectangle 属性，例如坐标或高度/宽度。

我不知道如何获取这些属性并将它们存储在可以应用于测量数据的某个变量中。因为我需要知道每只爪子的位置，在哪些帧期间它的位置，并将它与它的爪子(前/后，左/右)耦合。

那么如何使用 Rectangles 属性来提取每个爪子的这些值？

我的公共(public) Dropbox 文件夹(example 1、example 2、example 3)中有我在问题设置中使用的测量值。 For anyone interested I also set up a blog让您了解最新信息:-)

最佳答案

如果您只想要(半)连续区域，Python 中已经有一个简单的实现:SciPy的ndimage.morphology模块。这是一个相当常见的image morphology手术。

基本上，您有 5 个步骤:

def find_paws(data, smooth_radius=5, threshold=0.0001):
    data = sp.ndimage.uniform_filter(data, smooth_radius)
    thresh = data > threshold
    filled = sp.ndimage.morphology.binary_fill_holes(thresh)
    coded_paws, num_paws = sp.ndimage.label(filled)
    data_slices = sp.ndimage.find_objects(coded_paws)
    return object_slices

1. 稍微模糊输入数据以确保爪子具有连续的足迹。 (仅使用更大的内核(structure kwarg 到各种 scipy.ndimage.morphology 函数)会更有效，但这对某些人来说不太正常原因...)

2. 对数组设置阈值，这样您就有一个 bool 数组，其中包含压力超过某个阈值的位置(即 thresh = data > value)

3. 填充所有内部孔，使区域更干净 (filled = sp.ndimage.morphology.binary_fill_holes(thresh))

4. 找到单独的连续区域(coded_pa​​ws, num_paws = sp.ndimage.label(filled))。这将返回一个数组，其中的区域由数字编码(每个区域都是一个唯一整数的连续区域(从 1 到爪子的数量)，其他地方都是零)。

5. 使用 data_slices = sp.ndimage.find_objects(coded_pa​​ws) 隔离连续区域。这将返回 slice 对象的元组列表，因此您可以使用 [data[x] for x in data_slices] 获取每个爪子的数据区域。相反，我们将根据这些切片绘制一个矩形，这需要更多的工作。

下面的两个动画显示了您的“重叠爪子”和“分组爪子”示例数据。这种方法似乎工作得很好。 (不管它值多少钱，这比我机器上的下面的 GIF 图像运行得更流畅，所以爪子检测算法相当快......)

这是一个完整的例子(现在有更详细的解释)。其中绝大多数是读取输入并制作动画。实际的爪子检测只有 5 行代码。

import numpy as np
import scipy as sp
import scipy.ndimage

import matplotlib.pyplot as plt
from matplotlib.patches import Rectangle

def animate(input_filename):
    """Detects paws and animates the position and raw data of each frame
    in the input file"""
    # With matplotlib, it's much, much faster to just update the properties
    # of a display object than it is to create a new one, so we'll just update
    # the data and position of the same objects throughout this animation...

    infile = paw_file(input_filename)

    # Since we're making an animation with matplotlib, we need 
    # ion() instead of show()...
    plt.ion()
    fig = plt.figure()
    ax = fig.add_subplot(111)
    fig.suptitle(input_filename)

    # Make an image based on the first frame that we'll update later
    # (The first frame is never actually displayed)
    im = ax.imshow(infile.next()[1])

    # Make 4 rectangles that we can later move to the position of each paw
    rects = [Rectangle((0,0), 1,1, fc='none', ec='red') for i in range(4)]
    [ax.add_patch(rect) for rect in rects]

    title = ax.set_title('Time 0.0 ms')

    # Process and display each frame
    for time, frame in infile:
        paw_slices = find_paws(frame)

        # Hide any rectangles that might be visible
        [rect.set_visible(False) for rect in rects]

        # Set the position and size of a rectangle for each paw and display it
        for slice, rect in zip(paw_slices, rects):
            dy, dx = slice
            rect.set_xy((dx.start, dy.start))
            rect.set_width(dx.stop - dx.start + 1)
            rect.set_height(dy.stop - dy.start + 1)
            rect.set_visible(True)

        # Update the image data and title of the plot
        title.set_text('Time %0.2f ms' % time)
        im.set_data(frame)
        im.set_clim([frame.min(), frame.max()])
        fig.canvas.draw()

def find_paws(data, smooth_radius=5, threshold=0.0001):
    """Detects and isolates contiguous regions in the input array"""
    # Blur the input data a bit so the paws have a continous footprint 
    data = sp.ndimage.uniform_filter(data, smooth_radius)
    # Threshold the blurred data (this needs to be a bit > 0 due to the blur)
    thresh = data > threshold
    # Fill any interior holes in the paws to get cleaner regions...
    filled = sp.ndimage.morphology.binary_fill_holes(thresh)
    # Label each contiguous paw
    coded_paws, num_paws = sp.ndimage.label(filled)
    # Isolate the extent of each paw
    data_slices = sp.ndimage.find_objects(coded_paws)
    return data_slices

def paw_file(filename):
    """Returns a iterator that yields the time and data in each frame
    The infile is an ascii file of timesteps formatted similar to this:

    Frame 0 (0.00 ms)
    0.0 0.0 0.0
    0.0 0.0 0.0

    Frame 1 (0.53 ms)
    0.0 0.0 0.0
    0.0 0.0 0.0
    ...
    """
    with open(filename) as infile:
        while True:
            try:
                time, data = read_frame(infile)
                yield time, data
            except StopIteration:
                break

def read_frame(infile):
    """Reads a frame from the infile."""
    frame_header = infile.next().strip().split()
    time = float(frame_header[-2][1:])
    data = []
    while True:
        line = infile.next().strip().split()
        if line == []:
            break
        data.append(line)
    return time, np.array(data, dtype=np.float)

if __name__ == '__main__':
    animate('Overlapping paws.bin')
    animate('Grouped up paws.bin')
    animate('Normal measurement.bin')

更新:至于识别哪个爪子在什么时间与传感器接触，最简单的解决方案是只进行相同的分析，但同时使用所有数据。 (即将输入堆叠到 3D 数组中，并使用它，而不是单独的时间帧。)因为 SciPy 的 ndimage 函数旨在处理 n 维数组，我们不必修改原始的爪子查找函数完全没有。

# This uses functions (and imports) in the previous code example!!
def paw_regions(infile):
    # Read in and stack all data together into a 3D array
    data, time = [], []
    for t, frame in paw_file(infile):
        time.append(t)
        data.append(frame)
    data = np.dstack(data)
    time = np.asarray(time)

    # Find and label the paw impacts
    data_slices, coded_paws = find_paws(data, smooth_radius=4)

    # Sort by time of initial paw impact... This way we can determine which
    # paws are which relative to the first paw with a simple modulo 4.
    # (Assuming a 4-legged dog, where all 4 paws contacted the sensor)
    data_slices.sort(key=lambda dat_slice: dat_slice[2].start)

    # Plot up a simple analysis
    fig = plt.figure()
    ax1 = fig.add_subplot(2,1,1)
    annotate_paw_prints(time, data, data_slices, ax=ax1)
    ax2 = fig.add_subplot(2,1,2)
    plot_paw_impacts(time, data_slices, ax=ax2)
    fig.suptitle(infile)

def plot_paw_impacts(time, data_slices, ax=None):
    if ax is None:
        ax = plt.gca()

    # Group impacts by paw...
    for i, dat_slice in enumerate(data_slices):
        dx, dy, dt = dat_slice
        paw = i%4 + 1
        # Draw a bar over the time interval where each paw is in contact
        ax.barh(bottom=paw, width=time[dt].ptp(), height=0.2, 
                left=time[dt].min(), align='center', color='red')
    ax.set_yticks(range(1, 5))
    ax.set_yticklabels(['Paw 1', 'Paw 2', 'Paw 3', 'Paw 4'])
    ax.set_xlabel('Time (ms) Since Beginning of Experiment')
    ax.yaxis.grid(True)
    ax.set_title('Periods of Paw Contact')

def annotate_paw_prints(time, data, data_slices, ax=None):
    if ax is None:
        ax = plt.gca()

    # Display all paw impacts (sum over time)
    ax.imshow(data.sum(axis=2).T)

    # Annotate each impact with which paw it is
    # (Relative to the first paw to hit the sensor)
    x, y = [], []
    for i, region in enumerate(data_slices):
        dx, dy, dz = region
        # Get x,y center of slice...
        x0 = 0.5 * (dx.start + dx.stop)
        y0 = 0.5 * (dy.start + dy.stop)
        x.append(x0); y.append(y0)

        # Annotate the paw impacts         
        ax.annotate('Paw %i' % (i%4 +1), (x0, y0),  
            color='red', ha='center', va='bottom')

    # Plot line connecting paw impacts
    ax.plot(x,y, '-wo')
    ax.axis('image')
    ax.set_title('Order of Steps')

https://stackoverflow.com/questions/4087919/