如何使用 Bash 遍历文本文件的每一行?

使用此脚本:

echo "Start!"
for p in (peptides.txt)
do
    echo "${p}"
done

我在屏幕上得到这个输出:

Start!
./runPep.sh: line 3: syntax error near unexpected token `('
./runPep.sh: line 3: `for p in (peptides.txt)'

(以后我想用 $p 做一些比仅仅输出到屏幕更复杂的事情。)

环境变量SHELL是(来自env):

SHELL=/bin/bash

/bin/bash --version 输出:

GNU bash, version 3.1.17(1)-release (x86_64-suse-linux-gnu)
Copyright (C) 2005 Free Software Foundation, Inc.

cat/proc/version 输出:

Linux version 2.6.18.2-34-default (geeko@buildhost) (gcc version 4.1.2 20061115 (prerelease) (SUSE Linux)) #1 SMP Mon Nov 27 11:46:27 UTC 2006

文件peptides.txt包含:

RKEKNVQ
IPKKLLQK
QYFHQLEKMNVK
IPKKLLQK
GDLSTALEVAIDCYEK
QYFHQLEKMNVKIPENIYR
RKEKNVQ
VLAKHGKLQDAIN
ILGFMK
LEDVALQILL

最佳答案

一种方法是:

while read p; do
  echo "$p"
done <peptides.txt

正如评论中所指出的，这具有修剪前导空格、解释反斜杠序列以及在缺少终止换行时跳过最后一行的副作用。如果有这些问题，您可以这样做:

while IFS="" read -r p || [ -n "$p" ]
do
  printf '%s\n' "$p"
done < peptides.txt

在特殊情况下，如果 loop body may read from standard input ，您可以使用不同的文件描述符打开文件:

while read -u 10 p; do
  ...
done 10<peptides.txt

这里，10 只是一个任意数字(不同于 0、1、2)。

https://stackoverflow.com/questions/1521462/